El presidente Chen Shui-bian asistió a los funerales de Su Santidad el Papa Juan Pablo II, realizados el 8 de los corrientes. El Mandatario, quien se refirió a su misión como un "viaje de paz y recordación", dijo antes de partir a las exequias del Sumo Pontífice que presentaría sus respetos al difunto Papa a nombre del pueblo y el Gobierno de la República de China, destacando que la partida de este líder espiritual es una gran pérdida para el mundo. Por otro lado, la participación del presidente Chen en este acontecimiento marca un hito diplomático, ya que ésta fue la primera vez en que un presidente de la República de China visita la Santa Sede, el único país en Europa con quien la nación mantiene lazos diplomáticos.
El Papa Juan Pablo II falleció el 2 de los corrientes a la edad de 84 años. El presidente Chen presentó sus condolencias el día 4, expresando su sentir ante la pérdida de uno de los líderes religiosos mundiales más prominentes. Chen afirmó que no solamente los católicos de todo el planeta estaban sufriendo por la pérdida de su bien amado pastor, sino también que el mundo había perdido a uno de sus líderes más fuertes. El Mandatario exaltó al Sumo Pontífice por defender los métodos pacíficos para resolver disputas internacionales y asuntos sociales y políticos.
El presidente Chen recordó la visita de su esposa al Vaticano, en julio de 2003, con motivo de felicitar al Papa en el 25º aniversario de su pontificado. "Mi esposa todavía recuerda vivamente ese momento", relató Chen.
Acompañado por la vicepresidenta Lu Hsiu-lien, Chen visitó la Nunciatura Apostólica en Taipei para ofrecer sus condolencias. Durante su visita, Monseñor Ambroise Madtha, encargado de Negocios de la Nunciatura, extendió una invitación al Mandatario para que éste asistiera al funeral en persona representando a la República de China.
El Mandatario partió el 7 de los corrientes hacia el Vaticano, tras confirmarse que el Gobierno de Italia había accedido a extenderle una visa de tránsito por ese país en su camino al Vaticano. En el pasado, Italia se había visto forzada a negarle la visa a los presidentes de la República de China debido a presiones por parte de China continental. No obstante, el Gobierno italiano accedió a hacerlo en esta ocasión solemne, por lo que Chen y su comitiva, entre los que se encontraba el ministro de Relaciones Exteriores, Chen Tan-sun; el imán de la Mezquita de Taipei, Ma Shiao-chi; los sacerdotes Jan van Aert, director del Hogar Santa Ana, y Hsin Chao-ming; así como altos funcionarios y miembros de la comunidad católica de Taiwan, se aprestaron a viajar en un vuelo fletado de China Airlines.
La delegación fue recibida por funcionarios italianos encargados del protocolo; el embajador de la República de China ante la Santa Sede, Tou Chou-seng; el representante de la nación en Italia, Lin Ki-tseng, y otros funcionarios gubernamentales. A Chen y su comitiva se les dio el trato de cortesía según su condición de jefe de Estado. Fueron recibidos en el salón ejecutivo del aeropuerto, para pasar luego a ser escoltados por los carabineros hasta su hotel con el fin de prepararse para el funeral.
Más de 200 presidentes, primeros ministros, y miembros de la realeza de todas partes del mundo, al igual que unos cuatro millones de personas, asistieron al funeral de Su Santidad el Papa Juan Pablo II, que se llevó a cabo en la Plaza de San Pedro. Durante la ceremonia, Chen se sentó junto al presidente de Camerún y la Primera Dama de Brasil. Ellos se colocaron en la primera fila del área reservada para los líderes mundiales, a quienes se les asignó su lugar por orden alfabético, según los nombres de sus países en francés. Chen saludó a los ex presidentes estadounidenses George Bush padre y Bill Clinton antes de entrar a la plaza.
Tras el funeral, Chen visitó la Embajada de la República de China ante la Santa Sede. Posteriormente, almorzó con miembros del grupo pro-Taiwan en el parlamento italiano, otros políticos italianos, y miembros de la Embajada y Oficina Representativa de Taiwan en Italia.
Dirigiéndose a los asistentes al almuerzo, Chen hizo este llamado: "Solamente la flexibilidad y la reconciliación prepararán el camino para la armonía entre los diferentes partidos y grupos étnicos, y son la base para la paz con China continental".
Finalmente, el presidente Chen se reunió con Ricardo Maduro Joest, presidente de Honduras, en el Salón Ejecutivo del Aeropuerto Da Vinci en Roma, antes de regresar a Taiwan. Chen y su comitiva arribaron a Taipei el 9 de los corrientes.
Chen declaró que asistir a las exequias de Juan Pablo II fue de profundo significado y simboliza el reconocimiento mundial a los esfuerzos de Taiwan en consecución de los derechos humanos, la paz, democracia, y justicia, "nuestros mejores regalos para conmemorar al Papa".