Iniciado por el Consejo de Seguridad Nacional y otras agencias relacionadas, el plan de crear la CGA procura tener un mando unificado para combatir el contrabando y los polizones en las aguas cercanas a Taiwan. Otras responsabilidades de la CGA incluyen realizar inspecciones en barcos que entran y salen, acopio de información, control del tráfico marítimo y protección ambiental.
La nueva organización reemplaza a la Comandancia de Guardacostas (CGC, siglas en inglés), que por sí era una transformación del Cuartel General de la Guarnición de Taiwan. La comandancia fue establecida a inicios de los años noventa, cuando se consideró que el cuartel general de la guarnición ya no era adecuado para la sociedad de Taiwan, que estaba en pleno proceso de democratización. Antes de que concluyera el Período de Movilización Nacional para la Supresión de la Rebelión Comunista en 1991, el cuartel general de la guarnición era criticado como una organización encargada de la ley que solía suprimir las libertades públicas.
Durante su existencia, la CGC trabajó con la policía y las aduanas del Ministerio de Finanzas para patrullar las áreas costeras, descubrir contrabandos e impedir la infiltración.
El actual plan de reorganización también incluye el traspaso de la responsabilidad para salvaguardar los grupos de islas Spratly y Pratas en el Mar de China Meridional de las Fuerzas Armadas a la CGA. Esta acción tiene como meta reducir la tensión en esas islas que son reclamadas por muchos países, incluyendo a la República de China, China continental y las Filipinas.
Sin uniformes e insignias militares, las patrullas de la CGA alrededor de esas islas estarían menos propensas a causar conflictos armados cuando la administración tenga que ocuparse de asuntos civiles tales como las disputas pesqueras y los accidentes en el mar.
Como lo especifica la nueva ley, la CGA tiene una misión doble: mantener la ley y el orden, y salvaguardar la seguridad nacional. Por esta razón, la administración y sus agencias relacionadas serán integradas en operaciones militares en caso de guerra. Sin embargo, todo el personal de la CGA teóricamente no tiene relación con los militares ni con la policía. En vez, se le considera como funcionarios públicos.
La aprobación de la Ley de la Comandancia de Guardacostas ha causado un número de controversias en Taiwan. Primero, la posición de la CGA ha sido fuertemente debatida por los legisladores del Kuomintang (KMT), partido gobernante, y el principal partido de oposición, el Partido Democrático Progresista (DPP, siglas en inglés), y el minoritario Partido Nuevo.
El KMT logró aprobar el borrador preparado por el Yuan Ejecutivo, que le da a la CGA, con un personal de 22 mil miembros, la categoría de ministerio. En otras palabras, la administración operará como una agencia del Gabinete.
Los legisladores de la oposición han argüido en vano que la CGA debe operar bajo el Ministerio del Interior.
El legislador del DPP, Lin Cho-shui, dijo que la creación de la CGA va en contra del programa de reestructuración gubernamental. También, los legisladores del DPP enfatizan que ningún país en el mundo ha creado un sistema de mando de guardacostas independiente.
Algunos miembros de la policía marítima han sido incorporados en la nueva administración. Pero ésto ha creado preocupación en esos oficiales y sus familias debido a la posibilidad de una acción militar por la CGA al estallar una guerra.
Según reportajes de la prensa local, algunos de los policías marítimos que no desean trabajar con la CGA han solicitado ser transferidos al sistema policial regular.
Irónicamente, el personal de la policía marítima bajo el CGA, que es una organización a nivel ministerial, disfruta de una posición más alta que sus colegas en la Administración Nacional de Policía.
Los críticos del plan de reorganización indican que éste causará problemas potenciales al Gobierno, tales como los casos de un antiguo policía marítimo que sería asignado para vigilar las Spratly o de un oficial de la Armada que vaya a terminar investigando casos de contrabando.
Los críticos dicen que se necesita un plan más completo para asegurar la eficiencia.
Dejando de lado el asunto del personal, los legisladores del Partido Nuevo han atacado las medidas de reorganización como equivalentes a una retirada militar de los principales puestos de defensa en las islas alejadas, dejando a Taiwan vulnerable a una invasión.
Haciendo énfasis en que las áreas costeras deben ser rígidamente vigiladas, el legislador del Partido Nuevo, Lee Juh-feng, ha llevado a cabo una exitosa campaña para que se apruebe una acta con la cláusula de que las tropas militares permanezcan en Quemoy y Matsu, los dos grupos de islas controlados por la República de China que se encuentran geográficamente más cercanos a China continental.
Frank Hsieh, miembro del DPP y alcalde de la sureña ciudad de Kaohsiung, expresó una opinión completamente diferente. El dijo que la apariencia desmilitarizada de la CGA ayudará a reducir la fricción en las Pratas, que están bajo la administración del Gobierno Municipal de Kaohsiung.